Różnice między fakturą a fakturą zaliczkową w kontekście dokumentacji podatkowej cen transferowych

Dokumentacja podatkowa cen transferowych to temat szczególnie istotny dla firm, które dokonują transakcji z podmiotami powiązanymi, zwłaszcza w świetle coraz bardziej szczegółowych kontroli ze strony organów podatkowych. Prawidłowe ujęcie i udokumentowanie wartości transakcji jest kluczowe, by nie narazić się na ryzyko zakwestionowania rozliczeń podatkowych i sankcje. W poniższym poradniku przedstawiam, jak należy rozróżniać oraz stosować faktury i faktury zaliczkowe w dokumentacji cen transferowych, aby spełnić wymogi przepisów podatkowych.


Czym jest faktura a czym faktura zaliczkowa – kluczowe różnice

Faktura, zgodnie z art. 106b ustawy o VAT (u.p.t.u.), to dokument księgowy potwierdzający zawarcie transakcji sprzedaży towarów lub świadczenia usług. Zawiera ona dane stron transakcji, szczegółowy opis towaru lub usługi, kwotę netto i brutto (z VAT), a także termin płatności. Faktura stanowi podstawowy dokument uprawniający do odliczenia podatku VAT oraz jest głównym źródłem dokumentowania obrotu przedsiębiorstwa.

Faktura zaliczkowa (art. 106f u.p.t.u.) natomiast jest wystawiana, gdy przed realizacją dostawy towaru lub wykonaniem usługi klient wpłaca zaliczkę. Pełni funkcję potwierdzenia otrzymania tej wpłaty i zabezpiecza finansowo obie strony. Powinna zawierać analogiczne dane jak faktura właściwa, ale z wyraźnym wskazaniem, że dotyczy zaliczki na poczet przyszłej dostawy lub usługi.

Tabela porównawcza – podsumowanie:

PodobieństwaRóżnice
Dokumentują transakcję handlową i kwotę należnościFaktura: po realizacji usługi/towaru, faktura zaliczkowa: przed
Zawierają dane stron, numer, datę, opis towaru/usługi, wartości netto/bruttoFaktura: pełna kwota, zaliczkowa: tylko zaliczka
Obie mogą być w formie papierowej lub elektronicznejFaktura: obowiązek podatkowy z chwilą dostawy/usługi, zaliczkowa: z chwilą wystawienia
Stanowią podstawę księgową transakcjiFaktura: obowiązkowe elementy z art. 106e, zaliczkowa: dodatkowe informacje o zaliczce

Faktury w dokumentacji cen transferowych – na co zwrócić uwagę?

1. Podstawowe zasady ujmowania faktur

Zgodnie z art. 11l ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT (u.p.d.o.p.) oraz art. 23x ust. 2 pkt 1 ustawy o PIT (u.p.d.o.f.), podatnicy zobligowani do sporządzenia dokumentacji cen transferowych muszą wykazać wartość transakcji kontrolowanej na podstawie wystawionych faktur, zarówno końcowych, jak i zaliczkowych. Organy podatkowe nie precyzują, ile faktur należy przedstawić, natomiast każda faktura związana z daną transakcją powinna zostać uwzględniona.

Od 2019 roku w dokumentacji tej wykazuje się wartości netto, tj. bez podatku VAT, wynikające z faktur. Szczególnie ważne jest uwzględnienie faktur, których data wystawienia różni się od daty wykonania transakcji – np. faktura wystawiona w styczniu 2024 r. dotycząca dostawy z grudnia 2023 r. powinna być przypisana do właściwego okresu.

2. Faktury zaliczkowe i końcowe w rozliczeniach wieloletnich

W przypadku umów długoterminowych (np. kontrakty budowlane) często występują faktury zaliczkowe. Jeśli faktura zaliczkowa obejmuje całość wartości zamówienia – nie trzeba wystawiać faktury końcowej. Jeśli jednak dokumentuje tylko część należności, po wykonaniu usługi należy wystawić fakturę końcową, która uwzględnia także wcześniejsze zaliczki.

Ważne: Ostatnia faktura zaliczkowa powinna odnosić się do wszystkich wcześniej otrzymanych zaliczek.

3. Przykład praktyczny nr 1

Firma IT „Net4Tech” z Wrocławia realizuje kontrakt na wdrożenie systemu dla spółki powiązanej „SoftLink” z Gdańska. Umowa przewiduje wpłatę 100 000 zł w dwóch ratach: zaliczka 30 000 zł przy podpisaniu umowy (faktura zaliczkowa), reszta po odbiorze projektu (faktura końcowa). Firma „Net4Tech” dokumentuje w local file całość wartości kontraktu (100 000 zł), wykazując obie faktury, a wartości podawane są w netto.

4. Przykład praktyczny nr 2

Firma budowlana „Dom-Bud” z Poznania wykonuje na rzecz powiązanego podmiotu „InwestProjekt” usługi modernizacji biurowca w ramach trzyletniego kontraktu. W 2023 r. wystawiono trzy faktury zaliczkowe na kwoty: 40 000 zł, 30 000 zł i 30 000 zł. Wszystkie te faktury zostały ujęte w dokumentacji cen transferowych za 2023 r. Po zakończeniu realizacji w 2024 r. wystawiono fakturę końcową, która odwołuje się do wcześniejszych zaliczek. Dokumentacja za 2023 r. wykazuje wartość netto z faktur zaliczkowych, a za 2024 r. wartość z faktury końcowej (bez podwójnego ujęcia zaliczek).


Najczęstsze błędy i wskazówki praktyczne

  • Niewłaściwe przypisanie faktur do okresu – zawsze należy analizować datę wykonania transakcji, nie tylko datę wystawienia faktury.
  • Pomijanie faktur zaliczkowych – każda zaliczka udokumentowana fakturą zaliczkową powinna być wykazana w dokumentacji cen transferowych, nawet jeśli nie jest jeszcze kosztem podatkowym.
  • Błędne ujęcie wartości brutto zamiast netto – od 2019 roku w dokumentacji cen transferowych wykazuje się wartości netto.
  • Brak powiązania faktury końcowej z wcześniejszymi zaliczkami – konieczne jest wskazanie numerów i kwot wcześniejszych faktur zaliczkowych na fakturze końcowej.

Podsumowanie – co musi znaleźć się w dokumentacji cen transferowych?

  • Wartość transakcji kontrolowanej należy wykazać na podstawie wszystkich faktur – zarówno końcowych, jak i zaliczkowych – wystawionych w danym roku podatkowym.
  • Każda transakcja powinna być indywidualnie przeanalizowana pod kątem zgodności z praktykami rynkowymi.
  • Faktury zaliczkowe odgrywają istotną rolę w dokumentacji cen transferowych i nie mogą być pomijane.
  • Obowiązek dokumentacyjny powstaje na gruncie podatku dochodowego, dlatego kluczowa jest data wykonania transakcji.

Podstawa prawna

  • art. 106b, art. 106e, art. 106f – ustawa z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. 2024 poz. 361)
  • art. 11l ust. 2 pkt 1, art. 15 ust. 4 – ustawa z 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz.U. 2023 poz. 2805)
  • art. 23x ust. 2 pkt 1 – ustawa z 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz.U. 2023 poz. 1204)
  • Interpretacja indywidualna Dyrektora KIS z 14.01.2021 r., 0111-KDIB1-2.4010.274.2020.2.AW

Tematy porad zawartych w poradniku

  • dokumentacja cen transferowych 2025
  • faktura a faktura zaliczkowa różnice
  • obowiązki podatkowe transakcje powiązane
  • local file dokumentacja transakcji
  • faktury w dokumentacji podatkowej

Przydatne adresy urzędowe:

Ostatnia aktualizacja: 18.07.2025
Czy ta porada była dla Ciebie pomocna?

Zobacz również: