Zastrzeżenia do protokołu kontroli podatkowej – jak je skutecznie wnieść?

Otrzymanie protokołu kontroli podatkowej to kluczowy moment w relacji przedsiębiorcy z urzędem skarbowym. To właśnie ten dokument zawiera wnioski oraz ocenę działań podatnika dokonane przez kontrolujących. Warto wiedzieć, jak zareagować, gdy protokół nie odzwierciedla rzeczywistego stanu faktycznego lub zawiera błędną interpretację prawa. Poniżej znajdziesz praktyczny poradnik, który wyjaśni, jak prawidłowo wnieść zastrzeżenia lub wyjaśnienia do protokołu kontroli oraz jakie konsekwencje prawne niesie ze sobą ta procedura.


Dlaczego warto złożyć zastrzeżenia do protokołu kontroli?

Każdy przedsiębiorca, który nie zgadza się z ustaleniami zawartymi w protokole kontroli podatkowej, powinien rozważyć wniesienie zastrzeżeń lub wyjaśnień. To ostatni moment, aby formalnie odnieść się do stwierdzeń urzędu skarbowego jeszcze na etapie kontroli, zanim materiały trafią do dalszego postępowania podatkowego. Właściwie przygotowane zastrzeżenia mogą skutkować zmianą stanowiska urzędu, a nawet uniknięciem wszczęcia postępowania podatkowego lub wydania niekorzystnej decyzji.


Zasady składania zastrzeżeń i wyjaśnień do protokołu kontroli

Kiedy i jak złożyć zastrzeżenia?

  • Termin: Masz 14 dni od dnia doręczenia protokołu kontroli na złożenie zastrzeżeń lub wyjaśnień. Termin ten jest terminem materialnym, co oznacza, że nie podlega on przywróceniu.
  • Forma: Zastrzeżenia składa się na piśmie, które możesz przekazać osobiście w urzędzie, pocztą (za potwierdzeniem odbioru) lub elektronicznie przez ePUAP.
  • Adresat: Zastrzeżenia kierujesz do organu, który przeprowadzał kontrolę – najczęściej będzie to naczelnika urzędu skarbowego.

Różnica między zastrzeżeniami a wyjaśnieniami

  • Zastrzeżenia – polegają na kwestionowaniu ustaleń faktycznych zawartych w protokole, gdy są one nieprawdziwe, niepełne lub błędnie zinterpretowane.
  • Wyjaśnienia – to przedstawienie własnej oceny lub argumentacji co do meritum sprawy, czyli stanowiska kontrolowanego wobec ocen prawnych urzędu.

W praktyce najczęściej przedsiębiorcy łączą oba elementy w jednym piśmie.


Elementy, które powinny znaleźć się w zastrzeżeniach do protokołu kontroli

Choć Ordynacja podatkowa nie narzuca sztywnego wzoru, pismo powinno zawierać następujące informacje:

  1. Oznaczenie przedsiębiorcy (nazwa firmy, adres, NIP).
  2. Data i miejsce sporządzenia zastrzeżeń.
  3. Oznaczenie organu podatkowego, do którego kierujesz pismo (najczęściej organ, który przeprowadzał kontrolę).
  4. Tytuł pisma (np. „Zastrzeżenia do protokołu kontroli podatkowej”).
  5. Podstawa prawna (np. art. 291 § 1 Ordynacji podatkowej).
  6. Uzasadnienie – szczegółowe wyjaśnienie, dlaczego nie zgadzasz się z ustaleniami protokołu, wraz z odniesieniem do faktów, dokumentów, przepisów.
  7. Orzecznictwo – jeżeli jest to możliwe, warto powołać się na korzystne wyroki sądów administracyjnych.
  8. Nowe wnioski dowodowe – wraz z uzasadnieniem, dlaczego ich przeprowadzenie ma znaczenie dla sprawy.
  9. Podpis osoby uprawnionej do reprezentacji firmy.

Przykład 1: Spór o fakturę zakupu

Pan Krzysztof prowadzi firmę transportową w Katowicach. Po kontroli podatkowej otrzymał protokół, z którego wynikało, że jedna z faktur za usługi została zakwestionowana jako nieudokumentowana prawidłowo. Pan Krzysztof uważał, że faktura jest poprawna i załączył do zastrzeżeń dodatkowe potwierdzenia przelewu, umowę oraz korespondencję z kontrahentem. W piśmie wskazał, że protokół nie uwzględnia tych dowodów, wniósł o ich przeprowadzenie i powołał się na wyrok NSA z dnia 16.03.2018 r., sygn. akt I FSK 205/17.


Przykład 2: Błędna interpretacja wydatków na reprezentację

Pani Anna, właścicielka firmy szkoleniowej z Torunia, otrzymała protokół, w którym uznano, że część wydatków na spotkania biznesowe z klientami nie powinna być zaliczona do kosztów uzyskania przychodu. W zastrzeżeniach wskazała na błędną interpretację przepisów przez kontrolujących oraz dołączyła szczegółowe opisy spotkań, potwierdzające ich związek z prowadzoną działalnością. Wskazała na wyrok WSA w Warszawie z dnia 15.02.2021 r., sygn. akt III SA/Wa 1205/20.


Rozpatrywanie zastrzeżeń przez organ podatkowy

  • Obowiązki organu: Organ podatkowy ma 14 dni od otrzymania zastrzeżeń na zawiadomienie kontrolowanego o sposobie ich załatwienia. Musi jasno wskazać, które zastrzeżenia uwzględniono, a które odrzucono wraz z uzasadnieniem.
  • Możliwość dalszych czynności kontrolnych: Urząd skarbowy może podjąć dodatkowe czynności kontrolne, ale tylko w zakresie związanym z pierwotną kontrolą i zastrzeżeniami – nie jest wymagane nowe upoważnienie.
  • Dowody: Jeżeli podatnik zgłasza nowe wnioski dowodowe, organ może odmówić ich przeprowadzenia jedynie wtedy, gdy nie mają znaczenia dla sprawy lub okoliczność już została wystarczająco ustalona innym dowodem (art. 188 Ordynacji podatkowej).

Skutki niezłożenia zastrzeżeń do protokołu

Jeżeli nie złożysz zastrzeżeń lub wyjaśnień w terminie 14 dni, przyjmuje się fikcję prawną, że nie kwestionujesz ustaleń protokołu na etapie kontroli podatkowej. Jednak:

  • Nie zamyka to drogi do składania wniosków dowodowych na późniejszym etapie – już w trakcie postępowania podatkowego i w odwołaniu od decyzji możesz nadal zgłaszać zastrzeżenia, wnioski i wyjaśnienia.
  • Protokół kontroli nie ma mocy wiążącej – stanowi tylko jeden z dowodów w postępowaniu podatkowym (art. 181 Ordynacji podatkowej).

Najczęstsze błędy popełniane przez przedsiębiorców

  • Składanie zastrzeżeń po terminie (po 14 dniach od doręczenia protokołu) – pismo takie zostanie pozostawione bez rozpatrzenia.
  • Niezałączanie dokumentów lub nieprecyzyjne wskazanie dowodów.
  • Brak powołania się na konkretne przepisy lub orzecznictwo.
  • Ograniczenie się do ogólnikowych stwierdzeń zamiast konkretnego wykazania, na czym polega nieprawidłowość ustaleń organu.

Podsumowanie – najważniejsze wskazówki

  • Zawsze dokładnie analizuj protokół kontroli i reaguj w terminie 14 dni, jeśli się z nim nie zgadzasz.
  • Przygotuj dobrze uargumentowane zastrzeżenia, poparte dokumentami i przepisami prawa.
  • Pamiętaj, że nawet jeśli nie złożysz zastrzeżeń na etapie kontroli, możesz przedstawić dowody w dalszym postępowaniu.
  • Urząd ma obowiązek odpowiedzieć na Twoje zastrzeżenia i uzasadnić, dlaczego je uwzględnia lub odrzuca.
  • Składając nowe wnioski dowodowe, jasno wyjaśnij, czemu są istotne dla sprawy.

Podstawa prawna

  • art. 291 § 1–4, art. 188, art. 181, art. 207 § 1 i 2, art. 281 § 2 – ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (Dz.U. 2023 poz. 2383 ze zm.)

Tematy porad zawartych w poradniku

  • zastrzeżenia do protokołu kontroli podatkowej
  • wzruszanie ustaleń kontroli podatkowej
  • nowe wnioski dowodowe po kontroli
  • terminy w kontroli podatkowej
  • odpowiedź na protokół kontroli podatkowej

Przydatne adresy urzędowe

Ostatnia aktualizacja: 20.07.2025
Czy ta porada była dla Ciebie pomocna?

Zobacz również: