1. Strona główna
  2. Podatki, Rachunkowość, Kadry, ZUS, BHP, AML, Finanse i Ubezpieczenia, Dotacje, Sygnaliści
  3. Kontrola podatkowa
  4. Zakaz ponownej kontroli podatkowej tego samego przedsiębiorcy – kiedy organ może wrócić na kontrolę?

Zakaz ponownej kontroli podatkowej tego samego przedsiębiorcy – kiedy organ może wrócić na kontrolę?

Wielu przedsiębiorców obawia się kontroli podatkowych – to naturalne, bo każda kontrola to dodatkowy stres, konieczność przygotowania dokumentów i potencjalne ryzyko wykrycia błędów. Co jednak, jeśli organ podatkowy po raz kolejny chce przeprowadzić kontrolę w tej samej sprawie, za ten sam okres rozliczeniowy i w tym samym zakresie? Czy prawo dopuszcza tzw. ponowną kontrolę? Jakie są wyjątki i co zrobić, gdy urząd próbuje wrócić do sprawy, którą już raz sprawdzał? Przeczytaj ten poradnik i dowiedz się, jak skutecznie chronić się przed nieuzasadnioną, powtórną kontrolą podatkową.


Kluczowe zasady dotyczące ponownej kontroli podatkowej

Zasada zakazu ponownej kontroli podatkowej nie jest nowością w polskim prawie, jednak jej znaczenie i szczegółowe uregulowania zmieniały się na przestrzeni lat. Początkowo regulowana była głównie przez art. 282a Ordynacji podatkowej (o.p.), który ograniczał możliwość powtórzenia kontroli tylko w sprawach rozstrzygniętych ostateczną decyzją podatkową. Obecnie, po zmianach wprowadzonych w 2017 roku, zasada ta ma znacznie szerszy zakres i dotyczy wszystkich przedsiębiorców, również tych, wobec których kontrola nie zakończyła się wydaniem decyzji.

Najważniejszą zmianą było wprowadzenie w art. 58 ustawy Prawo przedsiębiorców (pr. przed.) ogólnego zakazu ponownej kontroli przez ten sam organ w zakresie już skontrolowanym i zakończonym. Oznacza to, że jeżeli byłeś już kontrolowany w konkretnej sprawie i kontrola zakończyła się – co do zasady, nie musisz się obawiać kolejnej kontroli w tym samym zakresie przez ten sam organ.


Wyjątki od zakazu ponownej kontroli – kiedy urząd może wrócić do tej samej sprawy?

Prawo przewiduje jednak katalog ściśle określonych wyjątków, kiedy organ podatkowy może ponownie przeprowadzić kontrolę, nawet w tym samym zakresie. Zgodnie z art. 58 ust. 2 Prawa przedsiębiorców, ponowna kontrola jest możliwa wyłącznie w poniższych przypadkach:

  • Dotyczy innego okresu – nowa kontrola może obejmować okresy, które nie były przedmiotem poprzedniej kontroli.
  • Zagrożenie życia lub zdrowia – gdy ponowna kontrola służy przeciwdziałaniu zagrożeniu.
  • Postępowanie dotyczące decyzji ostatecznych – w celu rozstrzygnięcia sprawy związanej z unieważnieniem, uchyleniem, zmianą lub wznowieniem postępowania dotyczącego decyzji ostatecznej.
  • Wyrok sądu administracyjnego – jeżeli sąd uchylił lub stwierdził nieważność wcześniejszej decyzji.
  • Wykonanie zaleceń pokontrolnych – kontrola służy sprawdzeniu wykonania zaleceń po poprzedniej kontroli.
  • Korekta deklaracji podatkowej – jeśli po kontroli przedsiębiorca składa korektę deklaracji, organ może wrócić do tego okresu.
  • Poważne uchybienia przy poprzedniej kontroli – np. fałszywe dowody, przestępstwo podczas sporządzania protokołu lub naruszenie prawa, które wpłynęło na wynik.
  • Nowe dowody lub okoliczności – pojawiły się nowe, istotne fakty lub dowody, o których organ nie wiedział wcześniej, w tym przypadki nadużycia prawa podatkowego.
  • Działalność pod nadzorem finansowym – gdy przedsiębiorca prowadzi działalność regulowaną przez przepisy o nadzorze nad rynkiem finansowym.

Przykład nr 1: Zakaz ponownej kontroli

Pan Michał prowadzi firmę transportową w Rzeszowie. W maju 2024 r. urząd skarbowy przeprowadził u niego kontrolę w zakresie rozliczenia podatku VAT za cały 2023 rok. Kontrola nie wykazała żadnych nieprawidłowości, czego potwierdzeniem jest protokół kontroli. W listopadzie tego samego roku Pan Michał otrzymuje informację, że urząd zamierza przeprowadzić ponowną kontrolę za rok 2023, w tym samym zakresie. W tym przypadku, zgodnie z art. 58 ust. 1 pr. przed., organ nie może wszcząć takiej kontroli, ponieważ nie zaistniała żadna z ustawowych przesłanek pozwalających na wyjątek od zakazu ponownej kontroli.

Przykład nr 2: Wyjątek – nowa okoliczność

Firma „Tech-Med” z Poznania została skontrolowana w marcu 2023 r. w zakresie podatku CIT za 2022 rok. Kontrola nie ujawniła nieprawidłowości. Jednak w sierpniu 2024 r. urząd otrzymuje anonimową informację i dowody wskazujące, że firma posługiwała się fałszywymi fakturami w 2022 roku, co nie zostało wcześniej wykryte. Organ podatkowy, powołując się na nowe okoliczności faktyczne (art. 58 ust. 2 pkt 8 pr. przed.), może wszcząć ponowną kontrolę za ten sam okres i w tym samym zakresie.


Protokół kontroli a decyzja ostateczna – co to oznacza dla przedsiębiorcy?

Warto pamiętać, że sam protokół kontroli nie jest decyzją ostateczną – nie rozstrzyga jeszcze o prawach i obowiązkach przedsiębiorcy. Stanowi jedynie opis ustaleń organu, które mogą być zmienione na późniejszym etapie, np. jeśli pojawią się nowe dowody. Dopiero wydana na tej podstawie decyzja podatkowa ma charakter ostateczny i korzysta z tzw. trwałości decyzji. Do czasu wydania takiej decyzji, organ może powracać do sprawy w ramach zbierania materiału dowodowego – jednak musi respektować ograniczenia wynikające z przepisów o kontroli przedsiębiorców.


Ograniczenia liczby kontroli u przedsiębiorców

Osobną kwestią są limity czasu trwania i liczby kontroli wynikające z art. 55 Prawa przedsiębiorców. Ustawodawca chroni przedsiębiorców przed nadmierną liczbą kontroli, określając maksymalny roczny czas, jaki mogą one zająć w stosunku do wielkości firmy (np. dla mikroprzedsiębiorców – do 12 dni roboczych w roku). Organ podatkowy musi zatem nie tylko wykazać istnienie jednej z wyjątkowych przesłanek do ponownej kontroli, ale również przestrzegać tych limitów.


Zasada zaufania do organów podatkowych – co możesz zrobić, jeśli urząd łamie zakaz ponownej kontroli?

Powtarzanie kontroli przez ten sam organ w tym samym zakresie, bez spełnienia wyjątkowych przesłanek, narusza zasadę zaufania do organów podatkowych (art. 121 § 1 o.p.). Jeżeli urząd próbuje wszcząć ponowną kontrolę niezgodnie z przepisami:

  • Zgłoś zastrzeżenie do protokołu wszczęcia kontroli, powołując się na art. 58 ust. 1 pr. przed.
  • Żądaj wskazania podstawy prawnej – urząd musi wskazać, z jakiego powodu (która z przesłanek z art. 58 ust. 2 pr. przed.) ponowna kontrola jest dopuszczalna.
  • Odwołaj się od czynności urzędowych do wyższej instancji lub sądu administracyjnego, jeśli organ nie respektuje zakazu.

Podsumowanie – jak skutecznie chronić się przed ponowną kontrolą podatkową?

  • Co do zasady, po zakończonej kontroli w tym samym zakresie i przez ten sam organ, nie można wszcząć ponownej kontroli podatkowej.
  • Wyjątki są ściśle określone w art. 58 ust. 2 Prawa przedsiębiorców – urząd musi je wykazać.
  • Protokół kontroli to nie to samo co ostateczna decyzja – dopiero decyzja korzysta z tzw. trwałości i zamyka sprawę.
  • Przedsiębiorca ma prawo do ochrony przed nadmierną liczbą kontroli – żądaj respektowania limitów i zasady zaufania do organów podatkowych.
  • W razie naruszenia zakazu ponownej kontroli, nie wahaj się korzystać z procedur odwoławczych.

Podstawa prawna

  • art. 58 ust. 1 i 2, art. 45 ust. 2, art. 55 – ustawa z dnia 6 marca 2018 r. Prawo przedsiębiorców
  • art. 282a, art. 121 § 1, art. 291c – ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa
  • Wyrok NSA z 13.02.2014 r., I FSK 1873/13, CBOSA
  • Wyrok WSA we Wrocławiu z 12.10.2006 r., I SA/Wr 165/06, CBOSA
  • Wyrok WSA w Gdańsku z 15.01.2008 r., I SA/Gd 885/07, CBOSA

Tematy porad zawartych w poradniku

  • ponowna kontrola podatkowa przedsiębiorców
  • zakaz powtórnej kontroli urząd skarbowy
  • wyjątki od zakazu ponownej kontroli
  • limity czasu kontroli w firmie
  • ochrona przedsiębiorcy przed nadmiarem kontroli

Przydatne adresy urzędowe

Ostatnia aktualizacja: 20.07.2025
Czy ta porada była dla Ciebie pomocna?

Zobacz również: