1. Strona główna
  2. Podatki, Rachunkowość, Kadry, ZUS, BHP, AML, Finanse i Ubezpieczenia, Dotacje, Sygnaliści
  3. Kontrola podatkowa
  4. Systemy analityczno-informatyczne w postępowaniu podatkowym i celno-skarbowym – znaczenie prawne oraz praktyczne wykorzystanie

Systemy analityczno-informatyczne w postępowaniu podatkowym i celno-skarbowym – znaczenie prawne oraz praktyczne wykorzystanie

Rosnąca digitalizacja procesów podatkowych sprawia, że organy podatkowe coraz częściej wykorzystują zaawansowane systemy analityczno-informatyczne do zbierania, przetwarzania i analizy danych podatników. Znajomość zasad funkcjonowania tych narzędzi, ich roli w postępowaniu dowodowym oraz ograniczeń prawnych, jest niezbędna zarówno dla przedsiębiorców, jak i ich pełnomocników. Dzięki temu można skuteczniej chronić swoje prawa w postępowaniu podatkowym i celno-skarbowym, zwłaszcza w przypadku sporów dotyczących zwrotu VAT czy egzekucji zobowiązań podatkowych.


Najważniejsze systemy informatyczne wykorzystywane przez organy podatkowe

W codziennej pracy urzędów skarbowych, Krajowej Administracji Skarbowej oraz organów egzekucyjnych, wykorzystywana jest cała gama narzędzi informatycznych, w tym:

  • e-ORUS – do analizy ryzyka, monitorowania terminowości składania deklaracji oraz weryfikacji zaległości podatkowych.
  • Poltax+ (z podsystemami KONTROLA i WYMIAR) – do analizy deklaracji, prowadzenia czynności sprawdzających, weryfikacji powiązań osobowych i kapitałowych oraz historii kontroli podatnika.
  • WRO-System (w tym STIR) – umożliwia analizę przepływów finansowych na rachunkach bankowych oraz transakcji wykazywanych w JPK_VAT.
  • SeRce – identyfikuje adresy rejestracyjne, zgłoszone numery telefonów i rachunki bankowe podatnika.
  • DWP (Dochody i Wydatki Podatnika) – umożliwia analizę zdolności finansowej podatnika poprzez zestawienie jego dochodów i wydatków.
  • CEKRII, CEiDG, LEX, CEPIK – dodatkowe bazy do pozyskiwania informacji o kasach rejestrujących, działalności gospodarczej, pojazdach i kierowcach.

Co ważne, na bardzo wczesnym etapie postępowania – nawet podczas rejestracji firmy – organy podatkowe analizują już dane przesyłane w plikach JPK_VAT (Jednolity Plik Kontrolny). Dzięki temu możliwa jest szybka identyfikacja powiązań między podmiotami, kwot podatku do zwrotu oraz ewentualnych nieprawidłowości.

Przykład 1: Kontrola VAT na podstawie danych z WRO-System

Firma „Agro-Market” z Gorzowa Wielkopolskiego złożyła wniosek o zwrot VAT za II kwartał 2024 r. System WRO zidentyfikował, że kwota do zwrotu przekracza 90 tys. zł, a u jednego z kontrahentów wykazano zaległości w podatku VAT za poprzedni rok. Pracownicy urzędu natychmiast zlecili dodatkową weryfikację, korzystając z e-ORUS oraz Poltax+, a także sprawdzili czy siedziba firmy nie jest tzw. wirtualnym biurem. W efekcie, zanim rozpoczęto właściwą kontrolę, urząd dysponował szczegółową analizą powiązań i historii podatkowej spółki.

Przykład 2: Egzekucja na podstawie analizy JPK_VAT

Pani Agata Nowicka, prowadząca działalność transportową w Lublinie, otrzymała postanowienie o zajęciu wierzytelności z powodu zaległości podatkowych. Organ egzekucyjny ustalił wysokość nieprzekazanej kwoty, analizując transakcje z JPK_VAT w okresie od stycznia 2022 r. do września 2024 r. Wyliczenia dokonano automatycznie na podstawie danych z systemu WRO, jednak w toku postępowania sądowego okazało się, że brakowało analizy dokumentów źródłowych – faktur i umów. Dopiero te dokumenty stanowiły rzeczywisty dowód i umożliwiły prawidłowe rozstrzygnięcie sprawy.


Informacja a dowód – jak organy podatkowe powinny traktować dane z systemów informatycznych?

Choć systemy informatyczne stanowią nieocenioną pomoc przy analizie ryzyka czy wstępnej weryfikacji rozliczeń podatnika, trzeba wyraźnie rozróżniać informację od dowodu w rozumieniu prawa podatkowego.

Informacja – to wynik przetworzenia danych przez narzędzia analityczne, takie jak WRO-System czy Poltax+. Służy ona głównie do typowania podmiotów do kontroli, identyfikowania podejrzanych transakcji lub powiązań osobowych. Przykładem są raporty generowane automatycznie na podstawie JPK_VAT.

Dowód – to dokument (np. faktura, umowa, potwierdzenie przelewu), który może być bezpośrednio zweryfikowany, zawiera istotne dane i został prawidłowo włączony do akt sprawy.

Ważne: Sądy administracyjne wielokrotnie podkreślały, że sama informacja wygenerowana przez system informatyczny, bez odniesienia do dokumentów źródłowych, nie może być uznana za dowód przesądzający o wyniku postępowania.

Cytat z wyroku WSA w Olsztynie z 2.10.2024 r. (I SA/Ol 158/24):

„…nie można uznać, że okoliczność niewychwycenia nieprawidłowości przez organy podatkowe na moment dokonywania czynności przez podatnika jest rozstrzygająca dla uznania prawa do odliczenia. Zasadnie zatem organy przyjęły, że w zakresie powyższej oceny bez znaczenia pozostaje informacja powzięta z aplikacji WRO-System o poziomie ryzyka SKORP dotycząca klasyfikacji wystawcy faktur jako podmiotu o akceptowalnym poziomie ryzyka.”

Cytat z wyroku WSA w Kielcach z 1.07.2021 r. (I SA/Ke 286/21):

„Brak analizy dokumentów źródłowych nie pozwalał na poprawną i definitywną ocenę wyjaśnień strony skarżącej, tym bardziej, że zmieniała je na poszczególnych etapach postępowania. W oparciu o dokumenty źródłowe (faktury czy umowy) należało zatem zbadać i przestawić sposób wyliczenia kwoty jaką dłużnik zajętej wierzytelności winien przekazać organowi egzekucyjnemu (…). Dopiero tak zebrane dowody pozwolą na prawidłowe rozstrzygnięcie sprawy.”


Ograniczenia prawne i ochrona danych w postępowaniu podatkowym

Wyłączenie z jawności i ochrona danych

Organy podatkowe są zobowiązane do wyłączania z jawności fragmentów dokumentów, które zawierają dane osobowe i inne informacje chronione prawem. Dotyczy to w szczególności informacji niezwiązanych bezpośrednio ze sprawą (np. dane kontrahentów, numery rachunków bankowych osób trzecich, czy szczegółowe kwoty nieistotne dla rozstrzygnięcia).

W praktyce do akt sprawy trafiają wydruki z systemów takich jak WRO-System, jednak zanonimizowane – w części dotyczącej osób i podmiotów niebędących stroną postępowania.

Przykład postanowienia o dopuszczeniu i wyłączeniu dowodów (z modyfikacją danych):

„Postanowienie Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego w Zielonej Górze z 12.05.2024 r. o dopuszczeniu dowodów i wyłączeniu dokumentów z jawności:

[…] dopuszczam jako dowód w tej kontroli następujące dokumenty:
– informacje zawarte w aplikacji WRO-SYSTEM z zakresu JPK_VAT dotyczące spółki Alfa-Tech Sp. z o.o. za okres od stycznia do grudnia 2023 r.
Wyłączam z jawności w części informacje objęte tajemnicą skarbową dotyczące osób i podmiotów niebędących stroną w prowadzonej kontroli. Wyłączenie z jawności dokumentów dotyczy tych ich fragmentów, które nie wnoszą istotnych dla rozstrzygnięcia sprawy informacji lub zawierają dane osobowe i ekonomiczne podlegające ochronie.”

Skutki dla przedsiębiorcy

  • Organy mogą wykorzystywać dane z systemów jako podstawę do wszczęcia kontroli lub czynności sprawdzających.
  • Informacje z systemów analitycznych nie przesądzają o wyniku postępowania – decydujące znaczenie mają dowody źródłowe.
  • Przedsiębiorca ma prawo domagać się dopuszczenia dowodów, weryfikacji raportów systemowych oraz wyjaśnienia, jakie dane i w jakim zakresie zostały wykorzystane.

Jak skutecznie korzystać z prawa do obrony – praktyczne wnioski dowodowe

Jeśli organy podatkowe wykorzystują wobec przedsiębiorcy dane pochodzące z systemów takich jak WRO-System, warto:

  1. Złożyć wniosek dowodowy o wyjaśnienie:
    • rodzaju programu,
    • zakresu przetwarzanych danych,
    • możliwości wygenerowania raportów dla strony,
    • sposobu korygowania błędnych danych.
  2. Zażądać ujawnienia dokumentów źródłowych – żaden raport systemowy nie powinien być jedyną podstawą rozstrzygnięcia.
  3. Wskazywać na obowiązek wyłączenia z jawności danych chronionych, ale domagać się udostępnienia tych informacji, które są istotne dla własnej sprawy.

Przykładowy wniosek dowodowy (zmodyfikowany):

„Na podstawie art. 120-124 ustawy Ordynacja podatkowa wnoszę o:

  • udzielenie informacji, jakie dane dotyczące mojej firmy zostały wykorzystane przez system WRO-System,
  • udostępnienie wykazu raportów wygenerowanych w mojej sprawie,
  • wyjaśnienie, czy przetwarzane są dane osobowe, oraz czy i w jaki sposób możliwa jest ich korekta,
  • wskazanie, kto jest administratorem systemu i danych, oraz czy strona postępowania ma prawo do wglądu do dokumentacji systemowej.”

Podsumowanie: na co warto zwrócić uwagę w kontaktach z organami podatkowymi

  • Systemy analityczno-informatyczne służą przede wszystkim do identyfikowania ryzyka i wspomagania pracy urzędników, ale nie zastępują tradycyjnych dowodów.
  • Informacje z tych systemów mogą zainicjować kontrolę lub postępowanie, ale decyzje podatkowe muszą opierać się na dokumentach źródłowych.
  • Przedsiębiorca powinien aktywnie korzystać z prawa do obrony – żądać ujawnienia raportów, składania wyjaśnień przez urząd, a także domagać się weryfikacji i korekty ewentualnych błędnych danych w systemach.
  • Wyłączenie z jawności fragmentów dokumentów nie powoduje utraty ich wartości dowodowej w zakresie istotnym dla sprawy, ale chroni dane podmiotów trzecich i informacje objęte tajemnicą skarbową.

Podstawa prawna

  • art. 120, art. 121, art. 122, art. 123, art. 124 – ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa
  • art. 168 § 1 – ustawa z dnia 17 czerwca 1966 r. – Kodeks postępowania administracyjnego
  • art. 9 ust. 1, art. 21 – ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej
  • art. 95b – ustawa z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (VAT)
  • art. 5, art. 13 – Rozporządzenie Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) 2016/679 (RODO)

Tematy porad zawartych w poradniku

  • wykorzystanie systemów informatycznych w kontroli podatkowej
  • znaczenie dowodowe raportów WRO-System i JPK_VAT
  • wyłączenie z jawności dokumentów podatkowych
  • prawa podatnika w postępowaniu kontrolnym

Przydatne adresy urzędowe

Ostatnia aktualizacja: 20.07.2025
Czy ta porada była dla Ciebie pomocna?

Zobacz również: