Kontrola podatkowa to jedno z najważniejszych narzędzi wykorzystywanych przez organy skarbowe do weryfikacji, czy przedsiębiorcy, osoby fizyczne i inne podmioty prawidłowo rozliczają się z podatków. Zrozumienie zasad jej przeprowadzania jest kluczowe, by uniknąć nieprzyjemnych niespodzianek oraz potrafić skutecznie bronić swoich praw w razie kontroli. W tym poradniku wyjaśnię, na czym polega kontrola podatkowa, kto może ją przeprowadzać, kto jej podlega i jakie są praktyczne skutki naruszeń procedur kontrolnych.
Na czym polega kontrola podatkowa?
Kontrola podatkowa to proces, którego głównym celem – zgodnie z art. 281 § 2 Ordynacji podatkowej – jest sprawdzenie, czy podatnicy, płatnicy, inkasenci oraz ich następcy prawni wykonują obowiązki wynikające z przepisów prawa podatkowego. Mówiąc prościej, urzędnicy porównują:
- stan faktyczny (np. złożone deklaracje, faktyczne rozliczenia, dokumenty księgowe),
- ze stanem prawnym (czyli normami prawa podatkowego, które określają zasady ustalania zobowiązania podatkowego, ulgi, zwolnienia, etc.).
Dzięki temu urząd może ocenić rzetelność deklarowanych podstaw opodatkowania i poprawność rozliczeń podatkowych.
Kluczowe aspekty kontroli podatkowej
- Kontrola polega na weryfikacji zgodności działań podatnika z obowiązującym prawem.
- Jej zakres dotyczy nie tylko spełniania obowiązków podatkowych, ale też prawidłowości korzystania z uprawnień (np. ulg, zwolnień, uproszczeń podatkowych).
- Organy mają obowiązek zbadać i opisać wszelkie niezgodności między rozliczeniami podatnika a wymogami ustawowymi.
Kogo może objąć kontrola podatkowa?
Według art. 281 § 1 Ordynacji podatkowej, kontrolą mogą być objęci:
- podatnicy (np. przedsiębiorcy, osoby fizyczne płacące podatek PIT, CIT, VAT),
- płatnicy (np. pracodawcy pobierający zaliczki na PIT od pracowników),
- inkasenci (np. sołtysi zbierający podatek rolny),
- następcy prawni (np. osoby przejmujące majątek i zobowiązania podatnika po jego śmierci lub przekształceniu firmy).
Ważne! Kontrolą może zostać objęty także podmiot, który nie jest już aktywny gospodarczo, jeśli dotyczy to okresów, w których istniał obowiązek podatkowy.
Kto może przeprowadzić kontrolę podatkową?
Organy uprawnione do kontroli
Zgodnie z art. 13 Ordynacji podatkowej, do organów podatkowych należą m.in.:
- naczelnik urzędu skarbowego,
- naczelnik urzędu celno-skarbowego,
- dyrektor izby administracji skarbowej,
- Szef Krajowej Administracji Skarbowej,
- Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej,
- minister właściwy ds. finansów publicznych,
- wójt (burmistrz, prezydent miasta),
- starosta lub marszałek województwa,
- samorządowe kolegia odwoławcze.
Kto rzeczywiście prowadzi kontrolę podatkową?
Tylko organy podatkowe pierwszej instancji są uprawnione do wszczynania i prowadzenia kontroli podatkowej – są to:
- naczelnik urzędu skarbowego,
- wójt, burmistrz, prezydent miasta,
- starosta lub marszałek województwa.
W praktyce najczęściej kontrolę przeprowadza naczelnik urzędu skarbowego, a w przypadku podatków lokalnych – organ samorządowy.
Zakres kontroli podatkowej – jakie obowiązki są weryfikowane?
Do typowych obowiązków podlegających kontroli należą m.in.:
- dokonanie i aktualizowanie zgłoszeń rejestracyjnych (np. VAT-R, CEIDG, NIP),
- prowadzenie i przechowywanie ksiąg podatkowych i dokumentów,
- wystawianie i numerowanie faktur, rachunków,
- składanie deklaracji podatkowych, informacji, wykazów,
- terminowa zapłata podatków i zaliczek.
Kontrola obejmuje również:
- prawidłowość korzystania z ulg, zwolnień, preferencji (np. ulgi na start, ulgi podatkowe dla nowych inwestycji),
- spełnienie warunków korzystania z uproszczonych form opodatkowania,
- weryfikację, czy nie zostały złamane rygory formalne (np. brak deklaracji, nieterminowe płatności).
Jak wygląda procedura kontroli podatkowej?
- Zawiadomienie o zamiarze wszczęcia kontroli
Co do zasady urząd informuje podatnika na piśmie (art. 282b Ordynacji podatkowej). Są jednak wyjątki – w niektórych sytuacjach kontrola może być wszczęta bez zapowiedzi (np. ryzyko ukrycia dokumentów). - Upoważnienie do przeprowadzenia kontroli
Kontrolujący musi posiadać pisemne upoważnienie wydane przez uprawniony organ i okazać legitymację służbową (art. 283 o.p.). - Czynności kontrolne
Kontrolujący bada dokumenty, księgi, może przesłuchiwać świadków, żądać wyjaśnień, dokonywać oględzin. - Protokół z kontroli
Po zakończeniu czynności sporządzany jest protokół, w którym urząd opisuje wszelkie stwierdzone nieprawidłowości.
Przykłady praktyczne
Przykład 1: Kontrola podatkowa małej firmy usługowej
Pan Marek prowadzi jednoosobową działalność gospodarczą w Nowej Rudzie. Otrzymał zawiadomienie o kontroli podatkowej dotyczącej rozliczeń VAT za ostatnie dwa lata. Kontrolę przeprowadza naczelnik miejscowego urzędu skarbowego. Urzędnicy analizują prowadzone księgi oraz faktury wystawiane klientom. W trakcie kontroli wykazano, że Marek nieprawidłowo rozliczał część przychodów z tytułu usług zagranicznych – mimo to, nie próbował ukrywać dokumentów ani nie odmówił udzielenia wyjaśnień. Po zakończeniu kontroli sporządzono protokół, w którym opisano stwierdzone nieprawidłowości i wskazano dalsze kroki (np. konieczność korekty deklaracji).
Przykład 2: Kontrola przez nieuprawniony organ
Spółka „Omega” z Zielonej Góry została poddana kontroli podatkowej przez zewnętrzną firmę audytorską, która – jak się okazało – nie miała upoważnienia od żadnego organu podatkowego pierwszej instancji. Zgodnie z art. 281 § 1 Ordynacji podatkowej, taka kontrola jest wadliwa i nie może wywołać skutków prawnych, a zebrane dowody nie mogą być wykorzystane przez urząd skarbowy.
Skutki naruszeń przepisów o kontroli podatkowej
- Kontrola przeprowadzona przez nieuprawniony organ lub bez wymaganych upoważnień jest nieważna, a jej wyniki nie mogą być podstawą do wymierzenia podatku.
- Jeżeli urzędnicy naruszą procedury (np. nie doręczą zawiadomienia lub upoważnienia, przekroczą zakres kontroli), podatnik ma prawo składać zastrzeżenia i żądać wyłączenia takich dowodów.
Kluczowe wnioski i wskazówki dla przedsiębiorców
- Zawsze żądaj okazania upoważnienia i legitymacji służbowej przez osoby przeprowadzające kontrolę.
- Kontrola podatkowa może dotyczyć zarówno aktualnych, jak i przeszłych okresów rozliczeniowych – obowiązek przechowywania dokumentów często wynosi nawet 5 lat.
- Jeśli kontrolę wszczyna podmiot, którego nie ma w katalogu organów podatkowych I instancji, masz prawo odmówić udziału w czynnościach i zawiadomić o tym odpowiedni urząd.
- Po zakończeniu kontroli zapoznaj się dokładnie z protokołem – masz prawo wnosić zastrzeżenia i wyjaśnienia.
Podstawa prawna
- art. 3 pkt 1 i 2, art. 4, art. 5, art. 7–9, art. 13, art. 13a, art. 93–93d, art. 97, art. 276, art. 281–284 Ordynacja podatkowa (Dz.U. 2023 poz. 2383 ze zm.)
- art. 33 i 33a ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej
Tematy porad zawartych w poradniku
- przebieg kontroli podatkowej 2025
- uprawnienia urzędu skarbowego kontrola
- protokół z kontroli podatkowej
- obowiązki podatnika podczas kontroli
- nieprawidłowa kontrola podatkowa skutki