1. Strona główna
  2. Urzędy, Kontrole, Koncesje i Zezwolenia, Nieruchomości, Prawo Budowlane, Zamówienia Publiczne, E-doręczenia
  3. Kontrola celno-skarbowa – co warto wiedzieć w 2025 roku? Zakres, uprawnienia, różnice wobec kontroli podatkowej

Kontrola celno-skarbowa – co warto wiedzieć w 2025 roku? Zakres, uprawnienia, różnice wobec kontroli podatkowej

Kontrola celno-skarbowa to jedna z najważniejszych form nadzoru nad przestrzeganiem przepisów podatkowych i celnych w Polsce. Od kilku lat jej znaczenie rośnie, szczególnie w kontekście walki z wyłudzeniami podatku VAT i innymi poważnymi nadużyciami gospodarczymi. Dobrze zrozumieć, czym różni się od zwykłej kontroli podatkowej, jakie daje uprawnienia organom i jakie obowiązki oraz prawa przysługują przedsiębiorcom.

Dzięki tej wiedzy łatwiej unikniesz niepotrzebnego stresu i będziesz w stanie skuteczniej chronić interesy swojej firmy, jeśli urząd zdecyduje się sprawdzić Twoje rozliczenia.


Kontrola celno-skarbowa – nowa procedura od 2017 roku

W marcu 2017 roku wprowadzono istotne zmiany w przepisach dotyczących kontroli skarbowej. Tradycyjną kontrolę skarbową zastąpiono nową procedurą – kontrolą celno-skarbową, uregulowaną w ustawie Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej (art. 54 i następne p.w.KAS). Obecnie to właśnie ta forma kontroli jest głównym narzędziem działania naczelników urzędów celno-skarbowych.

Najważniejsze cechy tej procedury:

  • Charakter mieszany – łączy elementy klasycznej kontroli podatkowej z uprawnieniami śledczymi (np. możliwość prowadzenia czynności operacyjnych).
  • Cel – wykrywanie i zwalczanie najpoważniejszych nieprawidłowości, które mogą mieć wpływ na bezpieczeństwo finansowe państwa.
  • Procedura – kontrola rozpoczyna się upoważnieniem organu, a kończy wydaniem protokołu lub innego rozstrzygnięcia.

Przykład

Załóżmy, że w firmie transportowej z Poznania organy Krajowej Administracji Skarbowej podejrzewają udział w tzw. karuzeli podatkowej. Rozpoczynają kontrolę celno-skarbową, a nie zwykłą kontrolę podatkową, ponieważ sprawa dotyczy wyłudzenia VAT na dużą skalę i powiązań z zagranicznymi kontrahentami. Kontrolerzy mogą prowadzić czynności również w mieszkaniach osób powiązanych z firmą oraz żądać dokumentów z różnych lat działalności.


Różnice między kontrolą celno-skarbową a podatkową

W polskim prawie od kilku lat funkcjonują dwie odrębne procedury weryfikowania rozliczeń podatkowych:

  • Kontrola podatkowa (prowadzona przez naczelników urzędów skarbowych, a w przypadku podatków lokalnych – przez prezydentów miast, burmistrzów, wójtów itp.) na podstawie Ordynacji podatkowej.
  • Kontrola celno-skarbowa (prowadzona przez naczelników urzędów celno-skarbowych) na podstawie ustawy – Przepisy wprowadzające ustawę o KAS.

Najważniejsze różnice:

KryteriumKontrola podatkowaKontrola celno-skarbowa
Podstawa prawnaOrdynacja podatkowaPrzepisy wprowadzające ustawę o KAS
OrganNaczelnik urzędu skarbowego, samorządyNaczelnik urzędu celno-skarbowego
ZakresZwykłe zobowiązania podatkoweNajpoważniejsze przypadki: np. karuzele VAT, wyłudzenia
UprawnieniaOgraniczone (głównie biuro, siedziba firmy)Bardzo szerokie (także mieszkania, czynności operacyjne)
Czas trwaniaBrak ścisłego terminu w ustawie (zwykle 6 miesięcy)Z zasady max 3 miesiące, można przedłużyć z podaniem przyczyny

Przykład

Pani Maria prowadzi małą kwiaciarnię w Siedlcach i zostaje poddana kontroli podatkowej w zakresie rozliczeń za rok ubiegły. Urzędnicy sprawdzają dokumentację w jej firmie, w godzinach prowadzenia działalności. Gdyby jednak pojawiło się podejrzenie, że jest zamieszana w nielegalny obrót fakturami, sprawa mogłaby zostać przekazana do kontroli celno-skarbowej – wtedy zakres i tryb działań urzędu byłyby znacznie szersze.


Uprawnienia organów podczas kontroli celno-skarbowej

W porównaniu do zwykłej kontroli podatkowej, uprawnienia naczelników urzędów celno-skarbowych są znacznie szersze. Obejmują m.in.:

  • możliwość prowadzenia czynności w siedzibie kontrolowanego, w jego mieszkaniu, w miejscach przechowywania dokumentów, a także w każdym miejscu związanym z działalnością (np. magazynach, pojazdach firmowych);
  • żądanie wydania dokumentów dotyczących nie tylko bieżącego roku, ale także wcześniejszych okresów;
  • przesłuchiwanie świadków na odległość (np. online lub telefonicznie);
  • prowadzenie czynności operacyjnych – zbliżonych do działań Policji;
  • szybkie wszczynanie czynności – często bez zapowiedzi, co ma zapobiegać zacieraniu śladów.

Kontrola celno-skarbowa powinna zakończyć się w ciągu 3 miesięcy od dnia jej rozpoczęcia. Jeśli ten termin nie zostanie dotrzymany, organ musi na piśmie poinformować podatnika o powodach przedłużenia i nowym terminie zakończenia kontroli.


Kogo może dotyczyć kontrola celno-skarbowa?

Chociaż kontrola celno-skarbowa z założenia ma być „twardą” procedurą stosowaną wobec najpoważniejszych naruszeń, w praktyce może objąć każdą firmę, niezależnie od wielkości. Przepisy nie wprowadzają wyłączeń dla jednoosobowych działalności gospodarczych czy mikroprzedsiębiorców.

Najczęściej jednak organy skupiają się na:

  • podejrzeniach obrotu fikcyjnymi fakturami VAT,
  • nielegalnym handlu towarami akcyzowymi lub paliwami,
  • prowadzeniu niezarejestrowanej działalności,
  • przestępstwach tzw. karuzelowych w VAT.

Wybór firm do kontroli opiera się na analizie ryzyka, którą urzędy muszą przeprowadzić przed wszczęciem postępowania. To zabezpiecza uczciwych przedsiębiorców przed niepotrzebnymi kontrolami i pozwala urzędom lepiej wykorzystywać zasoby.


Przykłady praktyczne zastosowania kontroli celno-skarbowej

Przykład 1

Firma informatyczna z Wrocławia zostaje wytypowana do kontroli celno-skarbowej z uwagi na nietypowo wysoką liczbę faktur od zagranicznych kontrahentów o niewielkiej wartości, regularnie powtarzających się każdego miesiąca. Organ podejrzewa udział firmy w procederze wyłudzania VAT. Kontrola obejmuje nie tylko dokumenty z ostatniego roku, ale także poprzednich lat, a czynności prowadzone są również w mieszkaniu właściciela i biurach rachunkowych, z których korzysta firma.

Przykład 2

Mały warsztat samochodowy z Olsztyna zostaje objęty kontrolą podatkową po doniesieniu klienta. Okazuje się jednak, że w wyniku weryfikacji pojawia się podejrzenie prania pieniędzy i udziału w sieci wyłudzającej zwroty VAT. W takiej sytuacji typowa kontrola podatkowa zostaje przekształcona w kontrolę celno-skarbową, a zakres działań organu znacznie się rozszerza – zarówno co do miejsc czynności, jak i żądanych dokumentów.


Najważniejsze wskazówki dla przedsiębiorców

  • Przygotuj się na możliwość kontroli – niezależnie od wielkości firmy.
  • Prowadź rzetelną dokumentację – im lepiej uporządkowane papiery, tym łatwiej i szybciej przejdziesz przez kontrolę.
  • Znaj swoje prawa – masz prawo żądać od organu okazania upoważnienia do kontroli i zapoznania się z zakresem czynności.
  • Kontrola może dotyczyć różnych okresów – nie tylko bieżącego roku podatkowego.
  • Nie utrudniaj czynności – to może prowadzić do poważnych konsekwencji, w tym postępowania karnego.
  • Korzystaj z pomocy prawnika lub doradcy podatkowego – szczególnie, gdy kontrola przybiera nieoczekiwany obrót lub pojawia się zarzut udziału w poważnym przestępstwie skarbowym.

Podsumowanie

Kontrola celno-skarbowa to narzędzie stosowane wobec najpoważniejszych naruszeń prawa podatkowego i celnego. Organom daje znacznie szersze uprawnienia niż tradycyjna kontrola podatkowa. Jakkolwiek przepisy nie wykluczają objęcia nią nawet małych firm, w praktyce najczęściej dotyczy ona spraw o dużym znaczeniu dla budżetu państwa. Pamiętaj, by regularnie analizować ryzyka w swojej firmie i prowadzić przejrzystą dokumentację, co znacząco zmniejszy prawdopodobieństwo długotrwałej i uciążliwej kontroli.


Podstawa prawna

  • art. 54 i następne – ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. – Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz.U. 2016 poz. 1948, ze zm.)
  • art. 281 i następne – ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (Dz.U. 2023 poz. 2383, ze zm.)

Tematy porad zawartych w poradniku

  • kontrola celno-skarbowa przebieg 2025
  • uprawnienia Krajowej Administracji Skarbowej
  • różnice kontrola podatkowa a celno-skarbowa
  • jak przygotować się do kontroli celno-skarbowej

Przydatne adresy urzędowe

Ostatnia aktualizacja: 20.07.2025
Czy ta porada była dla Ciebie pomocna?

Zobacz również: