Wielu przedsiębiorców prędzej czy później spotka się z kontrolą podatkową lub celno-skarbową. To dwa różne rodzaje kontroli, które – choć mają podobny cel, jakim jest weryfikacja prawidłowości rozliczeń podatkowych – przebiegają według odmiennych zasad. Warto wiedzieć, jakie konsekwencje niesie dla firmy wynik kontroli i jak postępować, aby zminimalizować ryzyko poważniejszych problemów z fiskusem.
Znaczenie wyniku kontroli dla przedsiębiorcy
Dla przedsiębiorcy znajomość skutków kontroli podatkowej i celno-skarbowej jest kluczowa – pozwala nie tylko prawidłowo zareagować na ewentualne nieprawidłowości wykazane przez organ, ale też skutecznie wykorzystać dostępne środki prawne. Sposób zakończenia kontroli decyduje o tym, czy podatnik może jeszcze bronić swojego stanowiska, złożyć korektę deklaracji czy też przygotować się na postępowanie podatkowe, które może zakończyć się decyzją i koniecznością zapłaty zaległości wraz z odsetkami.
Kontrola podatkowa – protokół, korekta i zastrzeżenia
Jak kończy się kontrola podatkowa?
Kontrola podatkowa kończy się sporządzeniem protokołu, który jest oficjalnym dokumentem opisującym ustalenia organu podatkowego. Protokół ten zostaje doręczony przedsiębiorcy (kontrolowanemu).
Ważne: Od chwili doręczenia protokołu podatnik ma 14 dni na podjęcie działań. W tym czasie może:
- Złożyć korektę deklaracji podatkowej – jeśli zgadza się z ustaleniami organu,
- Wnieść zastrzeżenia do protokołu – jeśli kwestionuje ustalenia kontroli. Zastrzeżenia muszą być złożone na piśmie w terminie 14 dni od otrzymania protokołu (art. 291 Ordynacji podatkowej).
Przykład nr 1
Firma „TechnoAuto” z Poznania została poddana kontroli podatkowej w zakresie rozliczenia podatku VAT za 2023 rok. Po przeprowadzonej kontroli, 12 września 2024 r., otrzymała protokół kontroli, w którym wskazano nieprawidłowości w odliczeniu VAT naliczonego od zakupu usług marketingowych. Przedsiębiorca, analizując ustalenia organu, nie zgadza się z częścią zarzutów i postanawia wnieść zastrzeżenia do protokołu, przedstawiając dodatkowe dokumenty i argumenty. Wysyła zastrzeżenia 20 września, a więc w terminie 14 dni.
Przykład nr 2
Spółka „GardenPro” z Wrocławia po otrzymaniu protokołu kontroli dotyczącej CIT za 2022 rok, uznaje, że faktycznie doszło do błędnego rozliczenia kosztów reprezentacji. W związku z tym w ciągu tygodnia od doręczenia protokołu składa korektę deklaracji podatkowej, wyrównując należność i unikając wszczęcia postępowania podatkowego.
Skutki niezłożenia korekty deklaracji
Jeżeli podatnik nie złoży korekty deklaracji po otrzymaniu protokołu, organ podatkowy ma 6 miesięcy na wszczęcie postępowania podatkowego w tej sprawie (art. 165b Ordynacji podatkowej).
Kontrola celno-skarbowa – wynik kontroli, brak zastrzeżeń i przekształcenie w postępowanie
Jak kończy się kontrola celno-skarbowa?
W przypadku kontroli celno-skarbowej, prowadzonej przez Krajową Administrację Skarbową (KAS), kontrolowany otrzymuje wynik kontroli – jest to dokument podobny do protokołu, lecz nie identyczny pod względem uprawnień i procedur.
Różnice w stosunku do kontroli podatkowej:
- Brak możliwości składania zastrzeżeń do wyniku kontroli celno-skarbowej (art. 83 ust. 2 ustawy o KAS oraz art. 291 Ordynacji podatkowej – wyłączone zastosowanie),
- 14 dni na korektę deklaracji podatkowej w zakresie objętym kontrolą – po doręczeniu wyniku kontroli.
Jeśli podatnik:
- Złoży korektę deklaracji – postępowanie nie jest kontynuowane,
- Nie złoży korekty deklaracji lub korekta nie zostanie uwzględniona przez organ – kontrola celno-skarbowa automatycznie przekształca się w postępowanie podatkowe (dzieje się to z dniem doręczenia postanowienia o przekształceniu).
Przykład nr 3
Przedsiębiorstwo „OptiTrans” z Krakowa zostało objęte kontrolą celno-skarbową w zakresie prawidłowości rozliczenia podatku akcyzowego. Po zakończeniu czynności, 10 maja 2024 r., firma otrzymała wynik kontroli, z którego wynikała drobna nieprawidłowość w wykazaniu akcyzy od importu alkoholu. Zarząd firmy zdecydował się skorygować deklarację i zapłacić brakującą kwotę akcyzy, co zakończyło sprawę – nie wszczęto postępowania podatkowego.
Przykład nr 4
Firma „eMarket” z Gdańska otrzymała wynik kontroli celno-skarbowej dotyczącej podatku VAT za 2023 r. Kontrolujący stwierdzili poważne nieprawidłowości, a firma nie zgadza się z zarzutami i nie dokonuje korekty deklaracji. 15 dni po doręczeniu wyniku kontroli firma otrzymuje postanowienie o przekształceniu kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe. Teraz sprawa będzie dalej prowadzona przez Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego i może zakończyć się decyzją podatkową.
Postępowanie podatkowe po kontroli – kto rozpatruje odwołania?
Po zakończeniu kontroli (zarówno podatkowej, jak i celno-skarbowej) i wszczęciu postępowania podatkowego organ wydaje decyzję kończącą sprawę co do istoty (np. nakazującą zapłatę podatku wraz z odsetkami).
Zmiany od 1 lipca 2023 r. w zakresie odwołań:
Wcześniej, w przypadku decyzji wydanych przez Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego (UCS), odwołanie rozpatrywał ten sam organ, co budziło kontrowersje i było niezgodne z zasadą dwuinstancyjności. Obecnie:
- Odwołania od decyzji Naczelnika UCS wydanych po 30 czerwca 2023 r. rozpatruje Dyrektor Izby Administracji Skarbowej (IAS), a nie sam Naczelnik UCS.
- Zasada ta dotyczy wyłącznie decyzji wydanych przez Naczelnika UCS w I instancji – zapewnia to rzeczywistą dwuinstancyjność postępowania podatkowego (art. 220 § 3 Ordynacji podatkowej).
Analiza ryzyka i charakter kontroli celno-skarbowej
Kontrole celno-skarbowe powinny być podejmowane w oparciu o analizę ryzyka – czyli prawdopodobieństwo i skutki naruszenia prawa podatkowego, a także środki służące ograniczaniu takich naruszeń (art. 58 ustawy wprowadzającej KAS).
To oznacza, że nie każda firma jest wybierana do kontroli przypadkowo – zwykle podmiot poddany kontroli celno-skarbowej został wcześniej zidentyfikowany jako potencjalnie ryzykowny. Kontrole te mogą być zatem bardziej szczegółowe i dotyczyć szerokiego zakresu działalności przedsiębiorcy, łącząc w sobie elementy kontroli, nadzoru i postępowania wyjaśniającego.
Podsumowanie – najważniejsze różnice i praktyczne wskazówki
- Kontrola podatkowa kończy się protokołem – możesz złożyć zastrzeżenia lub korektę deklaracji.
- Kontrola celno-skarbowa kończy się wynikiem kontroli – nie możesz wnieść zastrzeżeń, ale możesz skorygować deklarację w ciągu 14 dni.
- Brak korekty lub nieuwzględnienie korekty prowadzi do przekształcenia kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe.
- Decyzje Naczelnika UCS można odwołać do Dyrektora Izby Administracji Skarbowej (IAS).
- Analiza ryzyka to podstawa wszczęcia kontroli celno-skarbowej – podmioty do kontroli wybierane są na podstawie określonych kryteriów.
Wskazówki dla przedsiębiorców:
- Po każdej kontroli dokładnie analizuj protokół lub wynik kontroli.
- Jeśli zgadzasz się z ustaleniami – składaj korektę deklaracji w terminie.
- W przypadku wątpliwości skonsultuj sprawę z doradcą podatkowym.
- Pamiętaj o terminach – po ich przekroczeniu tracisz możliwość skutecznej obrony swoich interesów.
Podstawa prawna
- art. 291 § 1, § 4, art. 165b, art. 220 § 3 – ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2023 r. poz. 2383 ze zm.)
- art. 82, art. 83, art. 94, art. 58 – ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. – Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz.U. z 2023 r. poz. 1688 ze zm.)
Tematy porad zawartych w poradniku
- skutki wyniku kontroli podatkowej 2024
- odwołanie od decyzji UCS po kontroli
- kontrola celno-skarbowa krok po kroku
- różnice między kontrolą podatkową a celno-skarbową